Lietuvos energetikos ir pramonės įmonės jau turi dalyvavimo prekybos apyvartiniais CO2 taršos leidimais patirties. Lietuvoje 93 kurą deginančius įrenginius valdantys operatoriai nuo 2005 metų pradžios dalyvauja ES prekybos apyvartiniais taršos leidimais sistemoje. Daugeliui šis dalyvavimas davė nemažai naudos. Lietuvos įmonėms 2005 metams buvo suteikta apyvartinių taršos leidimų į atmosferą išmesti 13,8 milijonų tonų CO2.  Tuo tarpu šių įrenginių išmetimai 2005 metais siekė tik 6,6 milijonus tonų CO2. Likusius apyvartinius taršos leidimus įmonės galėjo parduoti  kitoms ES įmonėms, kurioms apyvartinių taršos leidimų trūko. Įmonės, pardavusios apyvartinių taršos leidimų perteklių 2006 metų pradžioje, kai rinkos kaina buvo pati aukščiausia ir siekė 20-30 eurų už apyvartinį taršos leidimą, gavo nemažas papildomas pajamas.

Tokia situacija 2005 metais susiklostė visų pirma dėl to, kad Ignalinos AE I bloko uždarymas nepadarė tokios didelės įtakos taršos šiluminėse elektrinėse augimui, kaip kad buvo planuojama, derinant apyvartinių taršos leidimų planą 2005-2007 metams su ES Komisija. 2005 metais ypač efektingai ir patikimai dirbo antrasis Ignalinos AE blokas, jo remonto laikotarpis buvo kaip niekad trumpas, o pakilusios importuojamų gamtinių dujų ir naftos kainos sąlygojo situaciją, kai šiluminėms elektrinėms nebeapsimokėjo gaminti didesnio kiekio elektros energijos. 2005 metais ypač padidėjo elektros energijos importas iš Rusijos ir Estijos, o Lietuvos šiluminės elektrinės savo pastoviuosius kaštus padengė, pardavusios netikėtai pabrangusius neišnaudojamus apyvartinius taršos leidimus.

Kita priežastis, dėl kurios Lietuvos įmonės neišnaudojo apyvartinių taršos leidimų, tai aktyvus energetikos ir pramonės įmonių investavimas į biokuro naudojimą, energijos gamybos, perdavimo ir vartojimo efektyvumo didinimą.

Lietuvoje 2005 metais tik 3 įrenginiai iš 93 į atmosferą išmetė daugiau CO2 nei gavo apyvartinių taršos leidimų. Tokia situacija suformavo Lietuvos įmonių požiūrį į prekybos apyvartiniais taršos leidimais sistemą, kaip į savotišką Europos Sąjungos paramos formą, bet ne į įpareigojimą. 

Deja, įmonės jau turėtų pradėti ruoštis sunkesniems laikams. Nuo 2008 metų Europos Sąjungoje prasideda antrasis prekybos apyvartiniais taršos leidimais laikotarpis. Visos ES šalys, tame tarpe ir Lietuva, šiuo metu rengia apyvartinių taršos leidimų paskirstymo planus antrajam prekybos laikotarpiui.  Visi planai turės būti patvirtinti ES Komisijos, kuri pastaruoju metu smarkiai sugriežtino savo poziciją ir reikalauja, kad šaliai skirtas apyvartinių taršos leidimų kiekis turėtų būti ne didesnis, nei 2005 metų patvirtintos šalies įmonių bendros CO2 emisijos, o ekonomikos augimo sąlygojamas energijos vartojimo augimas turėtų būti kompensuojamas energijos efektyvumo augimu.

Lietuva šiuo atveju atsiduria ypač nepalankioje situacijoje. 2009 metų pabaigoje uždarius Ignalinos AE antrąjį bloką, lieka tik dvi alternatyvos: pirkti didelius kiekius elektros energijos iš Rusijos arba padidinti Lietuvos šiluminių elektrinių apkrovimą ir pirkti apyvartinius taršos leidimus iš kitų Europos Sąjungos šalių.

Jau dabar galima prognozuoti, kad nuo 2008 metų Lietuvoje apyvartinius taršos leidimus galės pardavinėti tik tos įmonės, kurios iki to laiko padarys ženklias investicijas į atsinaujinančių energijos išteklių panaudojimą ir energijos ūkio efektyvumą.

Su didžiausiu apyvartinių taršos leidimų trūkumu neišvengiamai susidurs įmonės, ženkliai padidinusios gamybą, lyginant su 2002-2005 laikotarpiu ir energijai gaminti naudojančios tik gamtines dujas, naftos produktus ir kitą iškastinį kurą, nemažindamos kuro sąnaudų, tenkančių vienam gamybos vienetui.

Augant Lietuvos ūkiui, vienam BVP litui tenkanti CO2 tarša Lietuvoje, siekiant išlaikyti bendrą 2005 metų taršos lygį iki 2012 metų turėtų sumažėti trečdaliu. Tai yra labai rimtas iššūkis Lietuvos įmonėms, ypač įvertinant Ignalinos AE uždarymo pasekmes.    

Reikia laukti, kad apyvartinių taršos leidimų kaina, sumažėjus bendram jų kiekiui Europos Sąjungos įmonėse ir augant ekonomikai Rytų Europos šalyse, 2008-2012 metais gali pakilti iki 50-60 eurų ribos.

Prekybos apyvartiniais taršos leidimais sistema ir toliau papildomai skatins įmones daugiau investuoti į atsinaujinančių energijos išteklių panaudojimą, energijos gamybos ir naudojimo efektyvumą, tačiau Lietuvos įmonėms ši skatinimo sistema gali pradėti veikti nebe paramos forma, bet lazdos principu.

Todėl yra labai svarbu, kad Lietuvos energetikos ir pramonės įmonės jau dabar ypač daug investuotų į energetikos ūkio modernizavimą, įgyvendinant net ir tuos projektus, kurie iki šiol atsipirkdavo per ilgesnį laikotarpį.